Фотохимические процессы в фотосистеме II происходят с использованием энергии кванта света (максимум поглощения 680 нм). Первичным донором электрона служит молекула хлорофилла Р680, первичным акцептором - молекула Pheo. Затем электрон переходит на молекулу пластохинона QA, жестко закрепленную в реакционном центре ФС2, которая служит здесь в качестве одноэлектронного переносчика (обычно PQ является двухэлектронным ацептором). После этого электрон переходит на другую молекулу PQ, которая является двухэлектронным акцептором и может быть как связана с ФС2, так и свободно отделяться от фотосистемы II. Получив в результате двукратного срабатывания фотосистемы II два электрона и присоединив два протона из стромального пространства, дважды восстановленный платохинон (PQH2) отделяется от реакционного центра фотосистемы II и начинает диффундировать внутри липидной мембраны. Место связывания QB оказывается свободным, и к нему может присоединиться новая молекула PQ.
Рисунок Энергетические уровни компонентов фотосистемы II (по: THE PHOTOSYNTHETIC PROCESS, John Whitmarsh, Govindjee, In: "Concepts in Photobiology: Photosynthesis and Photomorphogenesis", Edited by GS Singhal, G Renger, SK Sopory, K-D Irrgang and Govindjee, Narosa Publishers/New Delhi; and Kluwer Academic/Dordrecht, pp. 11-51).