Окисление PQH2 цитохром b6f комплексом осуществляется в реакциях Q-цикла. Благодаря работе Q-цикла происходит направленный перенос протонов через мембрану, при этом PQH2 окисляется и восстанавливается пластоцианин. Цитохромный b6f комплекс содержит два различных центра связывания пластохинона. Один из них (p сайт) находится вблизи внутренней поверхности мембраны и связывает пластохинол (PQH2) и другой (n сайт) находится вблизи внешней поверхности мембраны это центр связывания пластохинона (PQ).
Q-цикл, который происходит через два оборота, состоит из следующих этапов :
Рисунок Q цикл. Трансмембранная организация цитохромного b6f комплекса. (A) Первый оборот: окисление PQH2, освобождение двух протонов в люмен, восстановление пластохинона и восстановление пластоцианина. (B) Второй оборот: окисление второй молекулы PQH2, освобождение двух протонов в люмен, получение второго протона из стромы семихиноном и образование PQH2, и восстановление пластоцианина (Buchanan 2000).
В случае недостатка света, после восстановления гема bl, второй электрон не следует Q-циклу, а восстанавливает центр Риске 2Fe-2S и затем цитохром f и пластоцианин (Staehelin, and van der Staay 1996).
Кроме Q-цикла и переноса второго электрона через центр Риске 2Fe-2S, цитохромный b6f комплекс участвует в циклическом транспорте электронов.