(1) У высших растений его N-концевой остаток, трионин, может быть обратимо фосфорилирован (Michel et al. 1988). Это свойство отсутствует у водорослей и цианобактерий.
(2) Он более слабо связан с реакционным центром ФС 2 и может быть отделен от изолированного основного комплекса ФС2 для получения комплекса CP47-РЦ (Dekker et al. 1990, Ghanotakis et al. 1989). Это свойство может играть роль in vivo в процессах репарации после фотодеструкции, когда белок D1 деградирует, а затем ресинтезируется. С учетом этих отличий можно считать, что CP43, как и его партнер CP47, является основным (коровым) белком ФС2. Он обеспечивает работу антенны и его присутствие необходимо для поддержания активности водоразлагающего комплекса. Делеция или модификация гена, как и в случае CP47, серьезно нарушает процесс сборки и водоразлагающую функцию ФС2. Однако эти нарушения не столь катастрофичны, как в случае белка PsbB. Например, делеция гена psbC в Synechocystis 6803 не полностью прекращает сборку ФС2, хотя угнетает выделение кислорода и фотоавтотрофный рост (Carpenter et al. 1998, Rogner et al. 1991).